Les grandes applications génomiques accélérées par GPU avec OpenACC permettront de fournir plus rapidement des médicaments nécessaires à la survie.

Les performances 16 fois plus élevées du logiciel « DNADist » permettront à Roche et autres compagnies pharmaceutiques d’accélérer la recherche médicale

Shanghai - le 6 août 2012 – NVIDIA a annoncé aujourd’hui que le programme Open ACC a permis aux chercheurs chinois d’accélérer radicalement l’application génomique DNADist1. Celle-ci est utilisée dans les premières étapes du traitement des maladies génétiques, tels que le syndrome de Down, l’hémophilie, la mucoviscidose, et la drépanocytose.

En utilisant le compilateur OpenACC de l’entreprise Caps, les chercheurs de l’Université Shanghai Jia Tong ont multiplié par 16 la vitesse de l’application DNA Dist grâce à un système basé sur les GPU Tesla de NVIDIA, et ce, en ajoutant simplement quatre éléments (ou directives) au code d’application.

DNA Dist est une matrice de distance pour étudier les rapports entre des espèces variées sur une période évolutive. Elle a permis aux chercheurs d’extraire des informations à partir de bases de données ADN en lisant une séquence de nucléotide. Ce procédé pourrait mener à une meilleure compréhension des causes de maladies génétiques complexe. L’accélération de l’application DNADist permettrait ainsi aux chercheurs d’étudier une gamme beaucoup plus large de données et d’obtenir plus vite une information exploitable dans le processus de recherche d’un traitement pour une maladie.

En tant que programmation standard de calculs parallèles ayant recours à des directives, OpenACC est connu pour permettre à des millions de chercheurs dans le monde de tirer facilement parti de la puissance de calcul informatique GPU. Pour les chercheurs, qu’ils soient expert dans le domaine de la programmation parallèle ou non, il s’agit du meilleur moyen d’accélérer la recherche en quelques heures par le biais de modèles de programmation connus.


Roche avec OpenACC : Accélération des performances des GPU

En présentant un système accélérateur d’application innovant, Open ACC permet aux entreprises leader dans le domaine pharmaceutique telles que Roche de chercher, d’identifier et de développer des médicaments plus vite et de manière plus rentable.

« Je suis impressionné par la rapidité et de la facilité avec laquelle OpenACC a débloqué la puissance d’accélération de GPU pour DNADist, qui est l’une de nos applications les plus critiques », affirme Steve Pan, Chef de projet de Roche Pharma Global Informatics. « L’impact potentiel du GPU n’a pas de prix car le fait de livrer nos produits sur le marché un jour à l’avance va permettre de sauver davantage de vies.»

« Extraire une information déterminante de la large liste de données ADN séquencées requiert un accroissement constant de la puissance de calcul », indique Sumit Gupta, directeur de la division Tesla chez NVIDIA. « OpenACC permet aux chercheurs de tirer rapidement et facilement profit des grandes performances de l’accélérateur GPU pour analyser une multitude de données génomiques. Cela réduit considérablement le temps d’études des systèmes biologiques, et pourrait mener au développement d’antidotes plus efficaces.»

De plus en plus de chercheurs et d’ingénieurs utilisent le compilateur OpenACC et le système hybride de calcul CPU/GPU pour accélérer tout type d’application, tels que le CAD/CAM, le traitement d’image, la science matérielle, les dynamiques molléculaires, la chimie quantique et plusieurs autres applications. La plupart du temps, les utilisateurs déclarent avoir atteint un niveau d’accélération jusqu’à cinq voire dix ou plus rapide en moins de temps.


Wébinaire de présentation de l’OpenACC, DNA Dist – 6 Septembre 2012
L’entreprise CAPS délivrera un wébinaire public et gratuit le jeudi 6 septembre 2012, pour sensibiliser les participants sur les cas d’utilisation de l’OpenACC et les meilleurs pratiques, et fournira plus de détails sur l’accélération de l’application DNADist.

Pour plus de renseignements ou pour s’inscrire, consulter le site :
https://www2.gotomeeting.com/register/668751466.

1 DNADist fait partie de la PHYLIP (PHYLogeny Inference Package), un package open source des programmes utilisés par les académiciens dans le domaine des biosciences, principalement dans la phylogénie. Source: http://en.wikipedia.org/wiki/PHYLIP